在高密度的工廠化養殖模式中，尾水中85%以上的有害物質，都源于魚蝦糞便、飼料殘渣、掉落魚磷等廢棄雜物。豎流式沉淀器和滾筒微濾機的分篩、排除，雖然能將尾水中肉眼可見的有害顆粒物濾出，小顆粒、肉眼看不見、溶于水的有機雜質卻依然會“逍遙法外”，蛋白質分離器應運而生。

養殖生物的排泄物、殘渣剩食被分解成眾多高分子有機物，這些有機物會逐漸形成有毒物質，對海水魚、珊瑚、蝦、海參等海水生物的生存構成一定威脅，而蛋白質分離器就能夠有效去除水中有機物，預防其在水體中分解可直接從水中吸附脫除掉膠狀體、纖維素、蛋白素、殘餌和糞便等有機物，可以保證養殖用水水質為魚類養殖創造良好的生存環境。

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